玻尔日亚是西班牙亚拉贡的大族，这个族出了两个教宗。1455年，玻尔日亚族的亚方索登极（即教宗加利斯笃二世）；十五世纪末叶，玻尔日亚族又出了一位教宗：教宗亚力山大六世。
圣方济各•玻尔日亚生于1510年，年十八岁，在宫廷供职。有一天他到亚加拉去，遇到一个人被警吏解送到宗教监狱，这个人对方济各留下了很深刻的印象，这人就是大名鼎鼎的耶稣会会祖圣依纳爵。
圣方济各的宫庭生活，一帆风顺，查理五世派他任加大禄尼总督。方济各后来自述道：“当我担任加大禄尼总督的时候，天主已经在训练我作耶稣会的总会长。我学习了怎样处理重要事务，调停纠纷，执行首长的职务。”他的心已经完全归向天主，每天在繁忙的公务中，抽出一部分时间念经祈祷。
1543年，方济各继承父亲的爵位，任根弟公爵，但他的仕途生活遭遇挫折，这为他是一个很好机会。他立即急流勇退，返故乡隐居，兴办慈善事业，建造修院院舍。当地主教写信给朋友说：“方济各•玻尔日亚是一位标准的公爵，也是一位标准的教友。他好好地教养子女，料理家务。从各方面说来，都是一位善人”。
好景不常，方济各的妻子突然患病去世。二人结婚十七年，生了八个子女，最小的还只有8岁。方济各伉俪清笃，精神大受打击。不久，真福伯多禄法华到冈田探访方济各，回到罗马，报告耶稣会会祖圣依纳爵 说：方济各已决定入耶稣会修道。
依纳爵表示非常欢迎，但是劝方济各先将子女的事料理妥善，利用闲暇的时间，攻读神学，考取博士学位。
三年后，方济各将家事全部料理妥善。1550年8月31日，启程赴罗马，那时候，他年纪已经四十岁了。
方济各在罗马住了四个月，回到西班牙，住在奥日帝（距离依纳爵的故乡罗耀拉不远）修院。他获得皇帝批准，将爵位转让给儿子，正式穿上修士的会衣，1551年领受铎品。“方济各由公爵一变而为耶稣会会士”在当时确是一件轰动的新闻。当他第一次公开献弥撒的那一天，参加的教友拥挤不堪，堂内无法容纳，露天搭了一个临时祭台。
这位在朝廷做过一品大臣，享尽人间富贵荣禄的方济各，在修院里做厨子的助手，打水搬柴，生火添火，打扫厨房。
方济各晋升铎品后，立刻获得教会当局核准，可以公开讲道。他手里拿了一只铃，走村串户，摇铃召集孩童，给他们讲解要理。
方济各对于往日的富贵生活，早已彻底忘记。他在修院里，最怕人家提起他过去的官职。有一次，他头上生了一个疮。医生说：“大人，我很抱歉，恐怕我施手术的时候，要给你吃一些痛苦”。方济各答道“没有一件事比现在你对我的称呼，更能使我痛苦了！”
方济各用各种苦行，使自己的身体受痛苦。他本是一个肥胖的人，可是他的腰一天比一无瘦下去，只有长上的命令，才能使他抑制过分的苦刑。到后来，方济各对于神修的经验，比较丰富，才知道过分的苦行，并不是一件很好的事。
方济各到西班牙各地传教，成绩非常完满。之后。又从西班牙往葡萄牙，收获更加丰富。
1554年，依纳爵任命方济各为耶稣会西班牙总代表。方济各说：我希望耶稣会在三件事上光荣天主。第一件是祈祷和圣事；第二件是与世俗作对；第三件是绝对服从。方济各的抱负，于此可见一斑。
方济各任西班牙总代表期内，致力发展耶稣会在西班牙的修院学校，在很短的时期内，二十个城市都有了耶稣会的学校和修院。
圣依纳爵去世后不久，查里皇帝逊位。他请方济各•玻尔日亚到尤斯德去看他。查理皇帝素有成见，对耶稣会非常歧视。方济各将个人的经验告诉他，耶稣会熔瞻仰天主拯救人灵两种工作于一炉，历史虽然很短，会员的素质非常优秀，前途无可限量。
1561年，教宗比约四世召方济各赴罗马。他在罗马受到热烈的欢迎。爱听他讲道的人，有查理玻罗米亚枢机和祁司理枢机（未来教宗圣比约五世）。
他在罗马耶稣会担任重要的职位。耶稣会总会长莱尼于1565年逝世。方济各当选继任。在七年内，他将耶稣会事业扩展至世界各地。所以人们常称他为耶稣会第二位会祖。他派遣耶稣会会士到最远的角落传扬福音，荣主救灵，造福人群。
除了远地的传教工作，方济各对于欧洲教友的道德训练也非常注意，领导会士提高教友的道德水准。
方济各在罗马和各省区，广设初学院。早在十五年前，他已计划在罗马设立学院，现在他亲身主持校务。方济各也将德国学院彻底改革，训练新血，往欧洲北部国家传扬福音。
教宗圣比约五世也非常重视耶稣会，对于方济各——耶稣会总会长——的圣德，尤为钦佩。所以方济各提出的计划，均获得教宗的赞助。
方济各将耶稣会的事业，推展至阿尔卑斯山区以外。他在波兰创设了耶稣会省区。耶稣会在法国的事业，经过方济各的努力，大事扩充。远东和东印度的耶稣会传教工作，日趋繁荣。美洲耶稣会传教事业也在这时期开始。
方济各•玻尔日亚任耶稣会总会长仅七年，可是他在七年内工作收获的丰富，令人赞赏。繁剧的行政管理工作，绝不阻挠方济各的灵修生活。他不但是第一流行政管理人员，同时也是第一流的圣人。
范奇神父评判耶稣会最初三位总会长说“耶稣会的基础是圣依纳爵树立的，墙壁是莱尼神父建造的，屋顶是圣方济各•玻尔日亚搭盖的，内部装修工程也是方济各主办的。”
1566年，罗马发生瘟疫。方济各筹募捐款，救济贫苦的病人，并派全部的会士，二人一组，往各处看护病人。瘟疫最易传染，死亡率颇高，耶稣会看护病人，完全本于服务人类的精神，个人生命，早已置之度外。
1571年，教宗派遣玻尼利枢机往西班牙、葡萄牙和法国，方济各奉随教宗御使同行。班、葡、法等国人民，早已仰慕方济各的大名，他每到一处，人山人海，争欲一睹圣人的丰采。每次讲道，听众拥挤不堪，收效之宏，远在一般讲道人员之上。
方济各因公务繁剧，积劳成疾，健康日趋恶劣。他回到菲拉猎，体力不支，表弟亚丰索公爵雇人用肩头抬地到罗马。到了罗马后二日即溘然长逝。去世前几天，他托胞弟将祝福转达给他的子女和孙儿。人们将每一子女和孙儿的名字念给他听，他逐一为他们祈祷。
1572年9月30日和10月1日间半夜子时，这位一代完人，安逝主怀。1617年荣列圣品。
方济各最杰出的德行是谦逊，自从他弃俗修道的时候起，不断修务谦德。波多门神父有一天问他：为什么这样谦逊？方济各道：“像我这样的人，只配入地狱。全世界的人，甚至无灵的生物，都好像在对我说：你应当到地狱里去。”
他对初学修土道：“我默想耶稣的一生言行，有一次，一连六天设想自己在叛徒如达斯的脚下。可是最后我获得结论，这个叛徒的脚，耶稣不是也洗过的吗？这样说来，连茹达斯我都不配亲近呢！” |
