第二类是教义阐释。 埃及麦地纳-马地出土的科普特文的《生之福音》评注(Synaxes (commentary?) on the Living Gospel)的一部分图版和《我主摩尼智慧的克弗来亚》(The Kephalaia of the Wisdom of my Lord Mani)的全部图版已经出版,有若干介绍,全部内容尚待科普特文专家释 读。《导师(即摩尼)的克弗来亚》(The Kephalaia of the Teacher (i.e. Mani))已经释读295页, 翻译成德文和英文。克弗来亚意为纲目、章节、要义。《仪略》中说,摩尼其余六十年间宣说正法,诸弟子等随事记录,克弗来亚显然是这种记录中最重要的一种,在西方史料中,它常被列为摩尼教经典。我们今天能看到的有122章,通常是对话体,即由摩尼的弟子问一个或一些问题,摩尼予以解答,内容涉及摩尼教几乎所有的方面。敦煌出土的汉文《摩尼教残经一》与此类似,也是阐释教义的对话体记录,今存345行。由摩尼弟子阿驮提出问题,摩尼予以解答,从诸神造成世界和贪魔造立人身讲起,叙述贪魔以五明性禁于肉身,而惠明使与之斗争,使五明性得以解脱,也即使故人转化为新人。这与《导师的克弗来亚》第38章相近。《摩尼教残经一》的另一个主要部分讲述惠明使通显三大光明日,降伏二种无明暗夜,与《导师的克弗来亚》第4章类似。汉文《摩尼教残经一》已经翻译成法文和德文。此经的一些帕提亚文、粟特文和回鹘文残片已经缀合刊布,翻译成德文(部分翻译成英文),可资比较研究。
在西方,摩尼在世时,摩尼教已经传播到叙利亚、巴勒斯坦和埃及。公元300年左右,摩尼教徒在埃及已经颇有声势,以致于哲学家里科普里斯的亚历山大觉得有必要撰文与其论战。摩尼教又从埃及传播到北非和西班牙,从叙利亚传播到小亚细亚,再从那里传播到希腊、亚德里亚海东岸、意大利和高卢。这些地方当时均在罗马帝国统治之下,摩尼教遭到政府的粗暴迫害。皇帝戴克里先于297年发布著名的诏书,命令非洲总督镇压摩尼教。基督教当时也遭到戴克里先的迫害,但是不久即取得国教地位,将摩尼教视为最危险的对手,不遗余力地从教俗两方面进行斗争。执事马克(Mark the Deacon)写的加沙主教波菲里(Porphyry, the Bishop of Gaza)传中,记载了375年 波 菲 里与摩尼教女信徒、来自安条克的朱莉娅(Julia)的一场辩论。圣奥古斯丁(354-430)则记载了他与摩尼教徒福图那图斯、费利克斯的辩论。这些辩论正是基督教与摩尼教斗争的典型例子。著名的希腊文教义之正式声明说明迟至九世纪,摩尼教仍然在西方活动。不过1000年以后,在西方就不再看到关于他们的记载了。 欧洲中世纪出现过所谓新摩尼教,比如,7世纪亚美尼亚的保罗派(Paulicians)、10世纪保加利亚的鲍格米勒派(Bogomilists)、和12世纪法国南部的阿尔比派(Albigensians),都有类似摩尼教之处,可能曾受其影响。但是很难确定它们与摩尼教之间的直接历史联系。 在东方,萨珊王朝时期(224-651)摩尼教在波斯本土不断遭到血腥迫害,它的主要力量逐渐汇聚到中亚乌浒水(Oxus,今阿姆河)流域。粟特城市萨秣建(撒马尔干)和赭时(塔什干)成为摩尼教传播的重要基地。六世纪末,中亚摩尼教团在撒特-奥尔米兹(Sad-Ohrmizd)领导 下,与巴比伦的领袖分裂,以电那勿(Denawars)派的名称独立。这种分裂状态到八世纪初才结束,中亚重新接受巴比伦法王米尔(Mihr,约710-740)的领导。七世纪中叶,穆斯林征服波斯以后,摩尼教徒的处境有所改善,伍麦叶王朝(661-750)让他们和平地活动,可能根本没有怎么注意他们。阿拔斯王朝时期(750-1258),许多摩尼教文献被翻译成阿拉伯文,比如,伊本-穆盖法耳(757年卒)曾把摩尼的几本著作翻译成阿拉伯文,比鲁尼和奈丁就是在一些摩尼教著作阿拉伯文译本的基础上,撰写摩尼教历史的。同时,阿拔斯王朝恢复了萨珊王朝反摩尼教的做法,谴责许多波斯血统的翻译者是摩尼教的同情者。在麦海迪(775-785)和穆格台迪尔(908-932)统治时期,设立了专门处置异教徒(主要是摩尼教徒)的机构,无情地对摩尼教徒进行迫害。967年前奈丁在首都巴格达亲身认识三百个摩尼教徒,但是,当他写作《群书类述》时,只有五个还留在首都,可见迫害之激烈。可能公元1000年左右,摩尼教徒在伊拉克就灭绝了。