这次大公会议的文献所要求成立的组织机构，在会议结束后数年间都很快地诞生，象征主教集体领导地方教会的主教团（CONFERENZE EPISCOPALI），在全球各国纷纷成立。当然，在此之前，已有部分国家早有主教团的存在。最新颖的倒是世界主教会议（SINODO DEI VESCOVI）的成立。这是全球主教襄助教宗治理普世教会最具体的方式和体现。第一次世界主教会议在一九六七年十月举行，有一百九十七位主教参与，其中三分之二是各国主教团选出的代表。这第一次世界主教会议可以说是试验性质的，讨论的内容很笼统广泛，诸如威胁信仰的各种危险，无神主义，混合婚姻，修院改革，圣教法典的修订等等的。
梵二大公会议期间，与会教长并没有讨论限制生育的问题，因为保禄六世教宗愿意自己来解决这项日渐困扰世界的大事。他委托一个委员会进行研究，这个委员会的看法倾向于超越教会传统上对避孕的立场。保禄六世没有接纳委员会的意见，他在一九六八年七月颁布了轰动全球的"人类生命"（HUMANAE VITAE）通谕，反对任何非自然的避孕方法。通谕一出，举世哗然，不但非基督信徒不以为然，就连先进国家中的许多天主教徒也不以为是，倒是第三世界地区的人反应比较良好。不支持这道通谕的人中，大部分认为教宗颁布这道通谕是一项没有符合全球主教集体领导教会的原则的行为，因为文献所触及的控制生育，对离婚者的牧灵工作，神职人员的独身生活等问题，都避开了大公会议的讨论和全球主教集体领导的职权。某些主教，例如当时比利时首都布鲁塞尔的总主教胥恁斯（LEO JOZEF SUENENS）枢机，就对"人类生命"通谕持保留的态度。
