民国34年，日本无条件投降后，中央政府提议没收寺庙房地产以筹措教育经费，于公竭力反对，此案乃予撤消。于公9月返回南京，翌年在天津、北京、南京、上海、西安、重庆等地设立“益世报”网。该年中国天主教圣统制成立，于公正式就职南京教区总主教，治理教务，讲道传教。
可惜好景不常，中国不幸爆发内战，38年2月2日，北平和谈期间，傅作义将军投降，共军由德胜门进入北平，打着审判战犯的旗帜，于斌、胡适等四人列入文化战犯名单中。天主教为了保留继承人，将部份修士送往国外继续读书。于公协助南京教区修士赴欧美留学，过境香港时，曾发生一段鲜为人知的插曲，略述于后。
大陆共产政权成立后，许多小政党投入共党旗帜。共党在香港设立统战部，邀约社会贤达回归大陆。于公当时暂住香港仔华南总修院。中国民社党党奎李先生持着毛泽东的信拜见于总主教，信内大意是说：中国新政权成立，信仰自由，请于公回大陆领导全国三百万天主教徒共同建设新中国。于公看过信后，让秘书转告李先生，双方只是在重庆参政会议中见过面，并无深交，恕不接见；毛泽东的信也请带回。李先生碰壁后很生气的说：于先生现在不到北京见毛主席，将来无论到什么地方都会看见毛主席。秘书表示怀疑，李某忿然离去。 |
